经过发酵或后处理的成熟啤酒，其残余酵母和蛋白质凝固物等沉积于贮酒罐底部，少量仍悬浮于酒液中，这些物质在以后的贮存期间会从啤酒中析出，导致啤酒混浊。所以，必须经过过滤工序，将其除去。
过滤是通过穿过或穿过多孔介质从液体中除去固体的过程。过滤的有效性取决于颗粒尺寸和过滤介质的孔隙率。悬浮在液体中的物质如果大于孔隙开口，将保留在过滤介质上或过滤介质中。过滤在整个酿造过程中被广泛使用，今天销售的大多数啤酒都在一定程度上经过过滤。从水过滤中的分子水平（1.0μm）到煮沸罐中煮沸后的去除酒花（1.0cm），粒径去除的范围是巨大的。
有两种基本类型的过滤：深度和表面。深度过滤，也称为粉末过滤，多孔性的材料由于其巨大的表面积和幽深曲折的通经而将液体中的颗粒截留下来。介质可以是硅藻土（DE），珍珠岩或其他多孔介质。例如，板框式硅藻土过滤机、烛式硅藻土过滤机。由于机械效应使具有一定粒度的颗粒物质被截留下来，因此空隙会不断被堵塞，导致过滤机的过滤性能逐渐下降。深度过滤通常被认为是粗过滤或初级过滤，尽管在许多小型啤酒厂中，这是唯一进行的过滤。



表面过滤使用薄膜材料，其孔隙小于要去除的颗粒。颗粒留在过滤器表面，而澄清的液体流过。如果孔隙具有定义的尺寸（例如，最大5μm），则过滤称为孔径的“绝对”。膜和错流过滤就是例子。
过滤介质，有时称为助滤剂，对于最终的液体净度至关重要。糖化系统中过滤罐使用谷物床，特别是大麦皮，作为助滤剂。甜麦芽汁通过谷物床被抽出，颗粒被困在基质中。目前使用的两种最流行的过滤介质形式是硅藻土和珍珠岩。硅藻土是一种天然存在的二氧化硅形式，源自微小浮游藻的钙化骨骼残骸。珍珠岩在性质上是相似的，但源自火山岩，由硅酸铝组成。这些材料形状的多样性和复杂性在过滤床中形成了幽深折曲。然而，存在与这些材料相关的肺部健康风险，例如矽肺病。因此，处理机必须防尘。此外，助滤剂的处置成本很高，所以推动了替代过滤方法的发展。
1917年，德国首先开发了“无菌过滤纸板”。纸板过滤机与板框式硅藻土过滤机的不同之处是它仅由滤板组成。在滤板之间悬挂有过滤纸板。啤酒从上部和下部同时进入每两个滤板中的一个，穿过纸板后从相邻滤板中流出，每对滤板之间都安装有一个过滤纸板。
设计上类似的是使用浸有硅藻土的压缩纤维素垫的深度烛式硅藻土过滤机。此种过滤机类似于烛式硅藻土过滤机，只是滤芯不同。深度烛式硅藻土过滤机的烛芯一般由尼龙66、聚偏二氟乙烯、陶瓷、聚丙烯和纤维质薄膜制成，其中有许多过滤层。它利用深度过滤烛芯进行过滤,过滤层的组织由外向里越来越密，形成多个截留层以及较大的过滤面积。深度烛式硅藻土过滤机在过滤初期，压差较低，而后孔径堵塞，压差上升很快，流速随之降低。此类滤芯适合作无菌过滤的最后一道过滤用。
膜过滤器由聚合物材料制成，并由于其均匀的孔径而捕获颗粒。它们能够产生非常精细的过滤液体。
错流过滤技术(Cross-flow-Microfiltration,简称CMF)是20世纪90年代开发的新技术。它的成功之处在于啤酒过滤不再依靠助滤剂，而使啤酒的过滤一次性完成，不必再从酵母中回收啤酒,且可以使过滤后的啤酒达到无菌状态，不需巴氏灭菌。传统的过滤技术是静态的，而错流过滤是动态的。在错流过滤中，啤酒当然不能像在静止过滤中那样横向流过过滤膜层，一是因为膜很快被堵；二是因为压差可把很薄的膜冲破。因此啤酒以与膜面平行的方向前进，并不断冲洗膜，始终只会有很少量的沉积物停留于膜上，从而达到截留颗粒和澄清酒液的目的，这种过滤方式称为“错流过滤”。
过滤有助于啤酒的稳定，提高啤酒的感官质量，增强清亮度。它还可以去除微生物，如死酵母，会影响啤酒口感的物质。较小的啤酒厂和酿酒厂可能会选择在未经过滤的情况下提供啤酒，因为他们认为清亮度对啤酒的意义不大，并且认为在过滤过程中可能会丢失一些元素。确实对于几种经典啤酒，如许多比利时瓶装啤酒，酵母浊度是这种风格的一个决定性因素。