酒精发酵是啤酒酿造过程中最关键的一步，已经存在于麦汁中的啤酒的所有潜在质量，将在这一步表露出来，或者消失。发酵结束前出现发酵困难或发酵中止的现象时有发生。
 
造成这种现象的原因有：
 
麦芽汁营养不够，低聚糖含量过高，α－氨基氮不足，酸度过高或过低
麦汁组成会直接影响酵母的生长和双乙酰的降解，充足的α氨基氮有利于酵母的繁殖。当麦汁含有足量α-氨基氮和易发酵的碳水化合物，通过合成途径形成的高级醇量就少（麦汁中α氨基氮含量以控制180±20mg/L较合适）。若辅料比太大或加蔗糖多，会使麦汁中α-氨基氮缺少，导致高级醇增加。
在麦芽汁制备过程中，要加强蛋白质的水解，适当降低蛋白质分解温度，并延长蛋白质分解时间。糖化时要适当调整糖化温度，加强低温段的水解，保证足够的糖化时间，并调整好醪液的PH值。
 
酵母凝聚性强，造成早期絮凝沉淀
如果酵母凝聚性过强，酵母易于沉降，主发酵会过早结束，较多的浸出物进入后酵阶段，这会导致发酵不充分，严重的还会造成啤酒的稳定性问题。相反，如果酵母的凝聚性能较差，则会有过多的酵母进入后酵，使啤酒产生酵母味。
可以通过增加麦汁通风量，调整发酵温度，待糖度降到接近最终发酵度时再降温以延长高温期，改进酵母的凝聚性能。或采用分离凝聚性较弱的酵母菌株解决这一现象。
 

酵母退化，发生突变导致不降糖
酵母接种时的状态与前期使用情况有关。酵母使用连续几代后，因缺乏与氧的接触而产生不良的累积效应，使发酵度逐步下降。而且连续使用的代数愈多，下降幅度愈大。例如，酵母连续3代在只含0.5mg/L溶解氧的条件下发酵，其外观发酵度分别为67%，65.5%，44%，发酵后的高级醇类、酯类、连二酮等物质的含量也会出现不正常。如果是因酵母退化，发生突变导致不降糖所致，可以采用更换新的酵母菌种来解决。
 
酵母自发突变，产生呼吸缺陷型酵母所致
呼吸缺陷型酵母菌是野生型酵母菌的突变菌株，其线粒体功能丧失，只能进行无氧呼吸。如果是由酵母自发突变，产生呼吸缺陷型酵母所致，可以从原菌种重新扩培或更换菌种。